مؤسسه ملی تحقیقات سلامت در قالب دو کارکرد کلان اقدامات خود را به‌عنوان دیده‌بان نظام سلامت انجام می‌دهد: 1- دیده‌بانی وضعیت سلامتی جمعیت با ارزیابی اثر اقدامات انجام شده در نظام سلامت مطابق چارچوب معین با تولید و ترویج بکارگیری شواهد و اطلاعات علمی، برای برنامه‌ریزی و سیاستگذاری در زمینه ارتقا سلامت جمعیت؛ 2- ارائه خدمات ویژه برای نظام سلامت (با تولید شواهد، ارائه اطلاعات و اجرای پژوهش‌های کاربردی با توجه به مقتضیات نظام سلامت).